27 декабря 1942 года Красноярская (Енисейская) епархия после пятилетнего перерыва вновь обрела правящего архиерея. Им стал архиепископ Лука (Войно-Ясенецкий), впоследствии канонизированный в сонме Новомучеников и исповедников Российских.
Будущий святитель жил в Красноярском крае с 1940 года, во время своей третьей ссылки. С началом Великой Отечественной войны профессор Войно-Ясенецкий, находясь на положении ссыльного, стал главным врачом эвакуационного госпиталя № 1515. Но и о служении Церкви Владыка Лука не забывал: Красноярская епархия, хоть формально и не прекращала своего существования, к началу 40-х осталась без правящего архиерея и единого действующего храма.
Собственно, открытие уцелевших в годы богоборчества красноярских церквей и стало основным вопросом, который пытался решить архиепископ Лука. Его стараниями удалось добиться возобновления богослужебной жизни в Никольском кладбищенском храме.
В связи с обилием работы в госпитале и отсутствием духовенства святитель вынужден был совершать Литургию только по воскресеньям и в дни двунадесятых праздников. Первое время ему приходилось пешим ходом добираться из центра города в Николаевку, чтобы совершить богослужение.
Во многом благодаря усердию архиепископа к передаче верующим были подготовлены Покровский и Свято-Троицкий соборы в Красноярске, Спасский — в Канске, Казанский — в Ачинске и ряд других храмов в регионе. Однако все эти радостные события произойдут уже после переезда Владыки Луки вместе с госпиталем в Тамбов в начале 1944 года.
А Красноярская епархия после Великой Отечественной войны оказалась временно упразднена: необъятная территория Приенисейской Сибири в церковном отношении почти половину столетия будет сначала викариатством, а затем благочинием в составе Новосибирской епархии.