32 года назад, 20 июля 1990 года, открылся новый этап в истории Красноярской епархии и началось её возрождение – тогда определением Святейшего Патриарха и Священного Синода была образована Красноярская епархия Русской Православной Церкви (выделением из состава Новосибирско-Барнаульской епархии). На восстановленную Красноярско-Енисейскую кафедру был назначен первый после 1944 года архиерей, постоянно управляющий епархией, — им стал архиепископ Антоний (Черемисов; 1990-2011; ныне – митрополит, на покое). А 5-6 октября 2011 г. была учреждена Красноярская митрополия, включающая ныне 5 епархий. Глава митрополии –– митрополит Красноярский и Ачинский Пантелеимон.
Первые православные храмы и монастыри на территориях, ныне находящихся в ведении Красноярской митрополии, были основаны еще в XVII веке — тогда осваивалась Приенисейская Сибирь. В это же время мученическую смерть принял и был прославлен первый на берегах Енисея святой — святой мученик Василий, Мангазейский чудотворец.
В 1619 году закладывается Енисейск, который позже станет духовным центром Восточной Сибири: позднее тут основаны Свято-Спасский мужской и Христо-Рождественский (ныне –– Иверский) женский монастыри, а мастерами из Енисейска возводились многочисленные храмы в традициях восточносибирского церковного зодчества (Богоявленский, Успенский, Воскресенский и др.). В Енисейске в XIX веке были преданы земле честные останки преподобного Даниила Ачинского.
25 мая 1861 г. Енисейская и Красноярская епархия была выделена из состава Томской и Енисейской епархии. Первый красноярский правящий архиерей — епископ Никодим (Казанцев), который стал автором трудов по истории Приенисейского края и сделал многое для духовного и культурного развития как епархии, так и всей Енисейской губернии. Успешное управление владыки Никодима и его преемников привело к тому, что в 1917 году на территории епархии существовало свыше 500 храмов, часовен и молитвенных домов, а также вели деятельность благотворительные и миссионерские учреждения, общества и воскресные школы.
Новые губернские власти, пришедшие после событий 1917 года, начали борьбу с Церковью, что кардинально изменило жизнь в епархии: советские богоборцы сразу закрыли большую часть епархиальных учреждений, а церковные и монастырские земли после восстановления советской власти в губернии в 1920 году отнимались и передавались в государственный фонд. Атеистические власти игнорировали отпор верующих масс и продолжали свой «красный террор».
С 1922 года Красноярская епархия очень часто оставалась без архиерейского управления, например мученик Амфилохий (Скворцов), которого в 1925 году рукоположили во епископа Красноярского, был сослан на Соловки, а в 1937 году расстрелян. Последний временно управлявший епархией владыка Сергий (Куминский), епископ Ачинский, был арестован в ноябре 1937 года и позже расстрелян. В 2000 году деянием Архиерейского Собора многие иереи Красноярской епархии, принявшие мученическую смерть во времена «войны» Советов против Церкви, были включены в Собор новомучеников и исповедников Церкви Русской.
Всё поменялось в годы Великой Отечественной войны — государственная политика по отношению к Церкви стала менее агрессивной и это позволило приступить к восстановлению церковной жизни в Красноярской епархии. Так, был вновь открыт храм-часовня свт. Николая Мирликийского на Николаевском кладбище в столице региона, там проходили богослужения, возглавляемые святителем Лукой (Войно-Ясенецким), назначенным на красноярскую кафедру в 1942 году и занимавшим ее до начала 1944 г. Позднее был открыт и старинный Покровский кафедральный собор. Далее последовало вхождение приходов в Новосибирскую епархию в качестве Красноярского благочиния. Всего, после десятков лет борьбы атеистического государства с Церковью, к моменту празднования 1000-летия Крещения Руси (1988 г.) в Красноярском крае не нашлось бы и полутора десятков действующих храмов.
Красноярская епархия была восстановлена в 1990 году на территории Красноярского края, приходы которого находились в составе Новосибирско-Барнаульской епархии. К моменту открытия Красноярской Епархии в нее входили выделенные затем в отдельные епархии приходы Кемеровской и Хакасской автономной областей. 5-6 октября 2011 года в пределах Красноярского края была образована Красноярская митрополия. Главой митрополии определено быть красноярскому архиерею, которым с 5 октября 2011 года решением Священного Синода был назначен Пантелеимон (Кутовой). 16 октября 2011 г. митрополит Красноярский и Ачинский Пантелеимон прибыл к месту служения в Красноярск, встреченный духовенством и представителями администрации Красноярского края.
В составе митрополии действуют сейчас 5 епархий — Красноярская, Норильская, Енисейская, Канская и Минусинская. За прошедшие годы в Красноярской митрополии восстановлено свыше 200 храмов, молитвенных домов и часовен, действуют монастыри, созданы новые церковные учреждения, православные общественные организации, братства и сестричества, богословско-пастырские курсы, воскресные школы при храмах, центры православной культуры и библиотеки, несколько православных гимназий и прогимназий, церковные и молодежные духовные хоры, работают епархиальные паломнические службы, пресс-службы и издательские центры.