Создание собственной духовной семинарии долгое время было заветной мечтой красноярских владык. Еще самый первый из управляющих Енисейской епархией, епископ Никодим (Казанцев; был правящим архиереем в 1861–1870 гг.), писал в 1861 году в Правительствующий Синод с просьбой об учреждении подобного учебного заведения. В Санкт-Петербурге на ходатайство тогда ответили отказом, сославшись на недостаток в средствах.
Лишь спустя три десятилетия, трудами епископа Александра (Богданова), шестого правящего архиерея в красноярской истории (управлял епархией в 1892–1894 гг.) были созданы надлежащие предпосылки для учреждения семинарии. В первую очередь, речь шла о поддержке со стороны Городской думы и местных меценатов.
Но честь открыть учебное заведение, которое могло бы позволить желающим жителям Енисейской Сибири получать духовное образование на малой родине, выпала уже преемнику владыки Александра — епископу Акакию (Закланскому; управлял епархией в 1894–1898 гг.). Первые занятия в семинарии состоялись 16 сентября (4 сентября по ст.ст.) 1894 года.
Строительство хорошо известного красноярцам здания за Центральным парком имени М. Горького (в дореволюционную пору там был разбит Городской сад) растянулось почти на два десятилетия. Поэтому большую часть своей недолгой истории семинария размещалась в трех небольших двухэтажных постройках. Лишь в 1912 году ее преподаватели и учащиеся перебрались в полноценный учебный корпус, возведенный по проекту губернского архитектора А.А. Фольбаума. К тому моменту здесь обучалось уже почти 130 человек.
За сравнительно короткое время Красноярская духовная семинария сумела стать одним из наиболее авторитетных подобных учебных заведений в масштабах всей азиатской части России. Во многом это стало заслугой протоиерея Николая Асташевского (будущего митрополита Никифора), руководившего ей в качестве ректора с 1897 по 1914 гг.
Степенную семинарскую жизнь разрушили революционные события. После октябрьских событий 1917 года здесь размещались профсоюзы. Затем (летом 1918 года), когда город оказался под контролем антибольшевистских правительств Сибири, тут разместились белые войска (семинария переехала в здание женской гимназии), а вслед за возвращением в Красноярск советской власти (в январе 1920 года) здесь был устроен гарнизонный военный госпиталь. А духовная семинария в нашем городе была упразднена.
На сегодняшний день состояние исторического здания требует полномасштабных реставрационных работ. А вопрос о том, будет ли в Красноярске снова действовать духовная семинария, по-прежнему остается открытым.